Pierwotnie parafia diecezji poznańskiej. Erygowana w 1445 roku. Odnowiona w 1630 roku. Od 1798 roku w diecezji warszawskiej, później w archidiecezji warszawskiej. Od 1992 roku jest parafią diecezji warszawsko-praskiej.

Na początku XX wieku w parafii św. Anny istniał silny ośrodek mchu mariawickiego. Jego konsekwencja był rozłam w 1907 roku. w wyniku którego w Długiej Kościelnej powstała parafia Przenajświętszego Sakramentu.